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Marco Maria D'Andrea

Laurea Magistrale in Bioinformatica

Genomica e Bioinformatica Dei Microrganismi (8 CFU)

Introduzione al corso. Panoramica sulle piattaforme di Next-Generation Sequencing (NGS) e loro utilizzo in microbiologia. Formati di file frequentemente utilizzati in analisi di dati NGS. Interrogazioni di databases afferenti all International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). Manipolazione dei file e conversione fra formati ed estrazione dati tramite script ed interfacce web. Valutazione della qualità dei risultati di un esperimento NGS. Approcci analitici di dati NGS di microbiologia: read mapping e assemblaggio de novo.  Annotazione di genomi batterici e di virus procariotici. Interfacce web utili per la bioinformatica dei microrganismi. Studio di comunità microbiche. Studio di evoluzione microbica.

 

Laurea Triennale in Biotecnologie

AAS Fondamenti di bioinformatica dei procarioti (2 CFU)

Le piattaforme di Next-Generation Sequencing (NGS) ed il loro utilizzo in microbiologia. Formati di file frequentemente utilizzati in analisi di dati NGS. Valutazione della qualità dei risultati di un esperimento NGS. Approcci analitici di dati NGS di microbiologia: read mapping e assemblaggio de novo.

 

Laurea Magistrale BEU

Batteriologia dei patogeni umani (Batteriologia-II) (3 CFU)

Descrizione, eziopatogenesi, fattori e strategie di virulenza, modalità di identificazione e controllo (vaccini e/o antibiotici) delle specie patogene appartenenti ai generi: Bacillus; Clostridium; Listeria; Staphylococcus; Streptococcus-Enterococcus; Mycoplasma; Corynebacterium; Mycobacterium; Spirochaeta; Chlamydiaceae; Campylobacter-Helicobacter; Brucella; Rickettsiaceae; Neisseria; Bordetella; Haemophilus; Legionella; Enterobacteriaceae: generalità, Salmonella, Shigella, Yersinia; virotipi di E. coli; Vibrio; Pseudomonas.

Brevi cenni (nome della specie, patologie provocate, fattori di virulenza)su: Bartonella, Coxiella, Francisella, Anaplasma, Ehrlichia, Burkholderia, Acinetobacter, Moraxella.