Una nuova specie di Sphingomonas di interesse biotecnologico

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La famiglia delle Sphingomonadaceae ha attirato particolare attenzione per la diffusa capacità di questi microrganismi di degradare un’ampia gamma di composti. Il ceppo MCT13 è stato isolato da un campione di acqua raccolto nel Settembre del 2007 nel bacino artificiale del Laboratorio di Ecologia Sperimentale e Acquacoltura (Università di Tor Vergata, Roma, Italia). L’isolato è stato assegnato al genere Sphingomonas con il sequenziamento del 16S rDNA. Dalla caratterizzazione morfologica, biochimica e tassonomica è emerso che il ceppo MCT13 rappresenta una nuova specie del genere Sphingomonas, per la quale è stato attribuito il nome Sphingomonas turrisvirgatae (10.3389/fenvs.2017.00009). Le colonie erano in grado di produrre evidenti depressioni sulle piastre di Zobell agar, suggerendo che questo ceppo fosse in grado di produrre agarasi, come è stato confermato anche dall’analisi della versione preliminare del genoma, depositata presso la Banca dati DDBJ/EMBL/GenBank e annunciata su Frontiers in Environmental Science (2017). Fino ad ora, l'attività agarolitica è stata riscontrata sovente nei batteri marini e non è stata osservata in nessuna delle specie di Sphingomonas caratterizzate o validamente pubblicate. I risultati preliminari delle analisi bioinformatiche suggeriscono la presenza di geni potenzialmente interessanti per applicazioni sia nel campo della biorimediation sia per usi industriali, laddove sia necessaria la degradazione di carboidrati complessi.

 

Thaller M.C., D’Andrea M.M., Marmo P., Civitareale C., Casu F., Migliore L. (2018) - SPHINGOMONAS TURRISVIRGATAE SP. NOV., AN AGAR-DEGRADING SPECIES ISOLATED FROM FRESHWATER. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, in press.

 A yellow pigmented and agar-pitting colony was isolated from the water of a drainage ditch within a disused system of constructed wetlands. The strain was purified and named MCT13T. This rod-shaped, Gram-negative, oxidase- and catalase-positive, aerobic, non-spore-forming and non-motile strain formed round colonies and grew optimally at pH 7.0±0.2, at 28–30 °C on LB agar, with 0-0.5% NaCl. The 16S rRNA gene sequence analysis placed the MCT13T isolate within the Sphingomonas (sensu stricto) cluster. The DNA G+C content was 65.3%. The only observed ubiquinone was Q10. The major fatty acids included C17 : 1ω6c and summed feature 8. The major polar lipids were sphingoglycolipid, diphosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine and phosphatidylglycerol. The major polyamine was spermidine. The 16S rRNA phylogenetic analysis showed the closest relative of MCT13T to be Sphingomonas koreensis (98.48%); however, there are several genotypical and phenotypical differences between the novel isolate and the type strain JSS26T of S. koreeensis. On the basis of these results, the MCT13T strain represents a novel species in the genus Sphingomonas, for which the name Sphingomonas turrisvirgatae sp. nov. is proposed. The type strain is MCT13T (=DSMZ105457T =BAC RE RSCIC7T).

 

D'Andrea M., Ciacci N., Di Pilato V., Rossolini G.M., Thaller M.C. (2017). DRAFT GENOME SEQUENCE OF THE AGARASE-PRODUCING SPHINGOMONAS SP. MCT13. Frontiers in Environmental Science, 5:9. DOI: 10.3389/fenvs.2017.00009